برنامه سیمرغ با ابتکار مرکز از سال ۱۳۸۹ آغاز شد تا زمینه‌های لازم برای آشنایی، تبادل آرا و همکاری صاحب‌نظران دیگر کشورها در حوزه‌های مختلف علم و فناوری با اندیشمندان ایرانی را فراهم آورد. تأکید اصلی این برنامه بر ایجاد فرصت‌های آشنایی بیشتر استادان و دانشجویان دانشگاه‌های کشور با پژوهشگران و اندیشمندان خارجی در نشست‌ها و کارگاه‌های تخصصی است. وجه تمایز برنامۀ سیمرغ با دیگر برنامه‌های حمایتی این مرکز، برگزاری نشست‌های علمی با حضور دانشمند/اندیشمند خارجی در یک یا چند دانشگاه در شهر‌های مختلف به‌ویژه در مناطق کم‌برخوردار است.