برنامه دعوت برای پژوهش‌های مشترک از شکل‌گیری همکاری‌های علمی میان پژوهشگران فعال در موسسات آموزش عالی وابسته به وزارت علوم، تحقیقات و فناوری و پژوهشگران خارجی حمایت می‌نماید. هدف این حمایت‌ها صرفا تامین بخشی از هزینه‌های پژوهش در داخل کشور است. در این برنامه، متقاضیان به ارسال طرحنامه‌هاي پیشنهادي (براساس اولویت‌های کشور) به همراه شرح حال علمی محققان ایرانی و بین‌المللی از طریق سامانه پژوهشی مرکز اقدام می‌کنند. طرحنامه‌ها پس از داوری و بررسی در کارگروه­های تخصصی در شوراي پژوهشی مرکز به تصویب می‌رسد و به معاونت‌های پژوهشی موسسات ذیربط برای عقد قرارداد پژوهشی اطلاع‌رسانی می‌شود. اهداف این برنامه شامل موارد زیر است:

• ارتقاء کیفیت فعالیت‌هاي تحقیقاتی داخلی بخصوص پروژه‌هاي دکتري
• ارتقاء جایگاه ایران در شاخص‌هاي توسعه علم و فناوري در جهان
• گسترش روابط بین‌المللی علم و فناوري