برنامه اجرایی مرکز ۱. حمایت از برگزاری کارگاههای آموزشی و همایشهای علمی بینالمللی در مراکز علمی کشور۲. برنامه دعوت برای پژوهش مشترک (ICRP)۳. برنامه پژوهشی جندیشاپور۴. پشتیبانی از حضور ایران در سزامی۵. حمایت از شرکت دانشجویان در همایشهای بینالمللی۶. دعوت از اندیشمندان در قالب برنامه سیمرغ۷. انجام طرحهای مطالعاتی در زمینه شناخت فضای علم و فناوری کشور و امکانات بینالمللی۸. حمایت از سفرهای علمی۹. برگزاری همایشهای سالانه همکاریهای علمی بینالمللی۱۰. پیگیری تفاهم نامههای موجود بین وزارت علوم و سایر کشورها۱۱. سایر فعالیتها (تواس، سرن، هفته پژوهش، رتبهبندی، کنگره جهانی علوم انسانی اسلامی)